plkt <- data.io::read(here::here("data", "mesoplankton.csv"))Level 3 : Most detailed classification
This section discusses the most detailed part we have determined. The classification is broken down into 6 levels:
N1 : quick and convenient separation into 5 groups. The groups are as follows: Plankton_crustacea, Plankton_dark, Plankton_gelatinous, Plankton_small, alter .
N2 : Separation mainly on the basis of phyla into 13 groups
N3 : Separation mainly on the basis of Class into 31 groupes
N4 : Separation on the basis of Orders (if possible) into 54 groups
N5 : Separation on the basis of Sub-orders and Genres into 71 groups
N6 : Separation on the basis of species into 22 groups
The tree structure of the different groups can be viewed below. A mindmap view is also available here.
fs::dir_tree("training_set/", type = "directory")training_set/
└── _train
└── _train_classif8
├── Plankton_crustacea
│ ├── Copepoda
│ │ ├── Gymnoplea
│ │ │ └── Calanoida
│ │ │ ├── Acartiidae
│ │ │ ├── Aetideidae
│ │ │ │ └── Euchirella
│ │ │ ├── Augaptilidae
│ │ │ │ └── Haloptilus
│ │ │ ├── Calanidae
│ │ │ ├── Calanoida_other
│ │ │ ├── Calocalanus
│ │ │ │ └── Calocalanus_pavo
│ │ │ ├── Candaciidae
│ │ │ ├── Centropagidae
│ │ │ ├── Eucalanidae
│ │ │ ├── Euchaetidae
│ │ │ ├── Pontellidae
│ │ │ ├── Rhincalanidae
│ │ │ └── Temoridae
│ │ └── Podoplea
│ │ ├── Cyclopoida
│ │ │ ├── Corycaeidae
│ │ │ ├── Oithonidae
│ │ │ ├── Oncaeidae
│ │ │ └── Sapphirinidae
│ │ │ ├── Copilia
│ │ │ └── Sapphirinidae_other
│ │ └── Harpacticoida
│ └── Crustacea_other
│ ├── Branchiopoda
│ │ ├── Ctenopoda
│ │ │ └── Penilia
│ │ └── Onychopoda
│ │ ├── Evadne
│ │ └── Podon
│ ├── Malacostraca
│ │ ├── Amphipoda
│ │ │ ├── Hyperiidae
│ │ │ │ ├── Oxycephalidae
│ │ │ │ ├── Phronimidae
│ │ │ │ ├── Platyscelidae
│ │ │ │ └── Vibiliidae
│ │ │ └── Senticaudata
│ │ ├── Decapoda
│ │ │ ├── Anomura_zoea
│ │ │ ├── Brachyura_zoea
│ │ │ ├── Decapoda_megalopa
│ │ │ ├── Decapoda_other_zoaea
│ │ │ └── Luciferidae
│ │ ├── Euphausiacea
│ │ │ └── Euphausiacea_calyptopsis
│ │ ├── Isopoda
│ │ ├── Malacostraca_other
│ │ └── Stomatopoda
│ │ ├── antizoea
│ │ └── pseudozoea
│ └── Ostracoda
├── Plankton_dark
│ ├── Annelida
│ │ ├── Annelida_adult
│ │ ├── Annelida_larva
│ │ └── Polychaeta
│ │ └── Phyllodocida
│ │ └── Tomopteridae
│ ├── Mollusca
│ │ ├── Bivalvia
│ │ │ └── Bivalvia_larva
│ │ │ └── Bivalvia_veliger
│ │ ├── Cephalopoda
│ │ │ └── Cephalopoda_planktonic
│ │ └── Gastropoda
│ │ └── Pteropoda
│ │ ├── Cavoliniidae
│ │ ├── Creseideae
│ │ │ ├── Creseis_acicula
│ │ │ ├── Creseis_conica
│ │ │ └── Creseis_virgula
│ │ └── Limacinidae
│ └── Vertebrata
│ └── Actinopterygii
│ └── Actinopterygii_larva
│ ├── Actinopterygii_alevin
│ ├── Actinopterygii_fry_type1
│ └── Actinopterygii_fry_type2
├── Plankton_gelatinous
│ ├── Chaetognatha
│ │ ├── Chaetognatha_head
│ │ ├── Chaetognatha_tail
│ │ └── Sagittoidae
│ │ ├── Aphragmophora
│ │ │ ├── Krohnittidae
│ │ │ └── Sagittidae
│ │ └── Phragmophora
│ │ └── Eukroniidae
│ ├── Cnidaria
│ │ ├── Hydrozoa
│ │ │ ├── Leptothecata
│ │ │ │ └── Campanulariidae
│ │ │ │ └── Obelia
│ │ │ ├── Siphonophorae
│ │ │ │ ├── Abylidae
│ │ │ │ │ ├── Abylopsis_tetragona_eudoxie
│ │ │ │ │ ├── Abylopsis_tetragona_gonophore
│ │ │ │ │ └── Abylopsis_tetragona_nectophore
│ │ │ │ ├── Diphydae
│ │ │ │ │ ├── Diphydae_eudoxie
│ │ │ │ │ ├── Diphydae_gobophore
│ │ │ │ │ ├── Diphydae_nectophore
│ │ │ │ │ ├── Diphyidae_eudoxie
│ │ │ │ │ ├── Diphyidae_gonophore
│ │ │ │ │ └── Diphyidae_nectophore
│ │ │ │ └── Physonectae
│ │ │ │ └── Physonectae_nectophore
│ │ │ └── Trachymedusae
│ │ │ └── Rhopalonematidae
│ │ │ └── Aglaura
│ │ └── Scyphozoa
│ │ ├── Scyphozoa_ephyra
│ │ └── Scyphozoa_medusa
│ ├── Ctenophora
│ └── Tunicata
│ ├── Appendicularia
│ │ ├── Appendicularia_tail
│ │ └── Copelata
│ │ ├── Fritillariidae
│ │ └── Oikopleuridae
│ └── Thaliacea
│ ├── Doliolida
│ ├── Pyrosomatida
│ │ └── Pyrosomatidae
│ └── Salpida
│ └── Salpidae
├── Plankton_small
│ ├── Chromista
│ │ ├── Bacillariophyceae
│ │ │ └── Coscinodiscales
│ │ │ └── Coscinodiscus
│ │ ├── Dinophyceae
│ │ │ ├── Gonyaulacales
│ │ │ │ └── Ceratium
│ │ │ └── Noctilucales
│ │ │ └── Noctiluca
│ │ └── Rhizaria
│ │ ├── Cercozoa
│ │ │ └── Thecofilosea
│ │ ├── Foraminifera
│ │ │ └── Nodosariata
│ │ └── Radiozoa
│ │ ├── Acantharia
│ │ └── Polycystina
│ └── Egg_Small_larva
│ ├── Egg
│ │ ├── Actinopterygii_egg
│ │ │ ├── Actinopterygii_egg_stage1
│ │ │ ├── Actinopterygii_egg_stage2
│ │ │ ├── Actinopterygii_egg_stage3
│ │ │ ├── Actinopterygii_egg_stage4
│ │ │ └── Actinopterygii_egg_stage5
│ │ ├── Egg_other
│ │ └── Mollusca_egg
│ └── Small_larva
│ ├── Bryozoa_Cyphonautes
│ ├── Crustacea_small_larva
│ │ ├── Cirripedia_cypris
│ │ ├── Cirripedia_nauplius
│ │ ├── Crustacea_metanauplius
│ │ └── Crustacea_nauplius
│ ├── Echinoidea_pluteus
│ └── Ophiuroidea_pluteus
└── alter
├── alter_other
│ ├── benthos
│ │ ├── benthos_other
│ │ └── seaweed_fragment
│ ├── terrestrial
│ │ ├── insecta
│ │ ├── microplastic
│ │ └── pollen
│ └── tripton_etc
│ ├── bad_focus
│ │ ├── Copepoda_bad_focus
│ │ └── bad_focus_other
│ └── tripton
└── artefact
├── bad_threshold
│ ├── multiple
│ │ ├── Copepoda_multiple
│ │ └── multiple_other
│ ├── part
│ │ ├── Actinopterygii_scale
│ │ ├── Copepoda_part
│ │ └── part_other
│ └── shadow
├── bubble
└── thin_artefact
├── fiber
└── scratch