plkt <- data.io::read(here::here("data", "mesoplankton.csv"))2 Classification
This guide uses a classification divided into 6 levels
N1 : quick and convenient separation into 5 groups. The groups are as follows: Plankton_crustacea, Plankton_dark, Plankton_gelatinous, Plankton_small, alter .
N2 : Separation mainly on the basis of phyla into 13 groups
N3 : Separation mainly on the basis of Class into 31 groupes
N4 : Separation on the basis of Orders (if possible) into 54 groups
N5 : Separation on the basis of Sub-orders and Genres into 71 groups
N6 : Separation on the basis of species into 22 groups
The tree structure of the different groups can be viewed below. A mindmap view is also available here.
fs::dir_tree("training_set/", type = "directory")training_set/
└── _train
└── _train_classif8
├── Plankton_crustacea
│ ├── Copepoda
│ │ ├── Gymnoplea
│ │ │ └── Calanoida
│ │ │ ├── Acartiidae
│ │ │ ├── Aetideidae
│ │ │ │ └── Euchirella
│ │ │ ├── Augaptilidae
│ │ │ │ └── Haloptilus
│ │ │ ├── Calanidae
│ │ │ ├── Calanoida_other
│ │ │ ├── Calocalanus
│ │ │ │ └── Calocalanus_pavo
│ │ │ ├── Candaciidae
│ │ │ ├── Centropagidae
│ │ │ ├── Eucalanidae
│ │ │ ├── Euchaetidae
│ │ │ ├── Pontellidae
│ │ │ ├── Rhincalanidae
│ │ │ └── Temoridae
│ │ └── Podoplea
│ │ ├── Cyclopoida
│ │ │ ├── Corycaeidae
│ │ │ ├── Oithonidae
│ │ │ ├── Oncaeidae
│ │ │ └── Sapphirinidae
│ │ │ ├── Copilia
│ │ │ └── Sapphirinidae_other
│ │ └── Harpacticoida
│ └── Crustacea_other
│ ├── Branchiopoda
│ │ ├── Ctenopoda
│ │ │ └── Penilia
│ │ └── Onychopoda
│ │ ├── Evadne
│ │ └── Podon
│ ├── Malacostraca
│ │ ├── Amphipoda
│ │ │ ├── Hyperiidae
│ │ │ │ ├── Oxycephalidae
│ │ │ │ ├── Phronimidae
│ │ │ │ ├── Platyscelidae
│ │ │ │ └── Vibiliidae
│ │ │ └── Senticaudata
│ │ ├── Decapoda
│ │ │ ├── Anomura_zoea
│ │ │ ├── Brachyura_zoea
│ │ │ ├── Decapoda_megalopa
│ │ │ ├── Decapoda_other_zoaea
│ │ │ └── Luciferidae
│ │ ├── Euphausiacea
│ │ │ └── Euphausiacea_calyptopsis
│ │ ├── Isopoda
│ │ ├── Malacostraca_other
│ │ └── Stomatopoda
│ │ ├── antizoea
│ │ └── pseudozoea
│ └── Ostracoda
├── Plankton_dark
│ ├── Annelida
│ │ ├── Annelida_adult
│ │ ├── Annelida_larva
│ │ └── Polychaeta
│ │ └── Phyllodocida
│ │ └── Tomopteridae
│ ├── Mollusca
│ │ ├── Bivalvia
│ │ │ └── Bivalvia_larva
│ │ │ └── Bivalvia_veliger
│ │ ├── Cephalopoda
│ │ │ └── Cephalopoda_planktonic
│ │ └── Gastropoda
│ │ └── Pteropoda
│ │ ├── Cavoliniidae
│ │ ├── Creseideae
│ │ │ ├── Creseis_acicula
│ │ │ ├── Creseis_conica
│ │ │ └── Creseis_virgula
│ │ └── Limacinidae
│ └── Vertebrata
│ └── Actinopterygii
│ └── Actinopterygii_larva
│ ├── Actinopterygii_alevin
│ ├── Actinopterygii_fry_type1
│ └── Actinopterygii_fry_type2
├── Plankton_gelatinous
│ ├── Chaetognatha
│ │ ├── Chaetognatha_head
│ │ ├── Chaetognatha_tail
│ │ └── Sagittoidae
│ │ ├── Aphragmophora
│ │ │ ├── Krohnittidae
│ │ │ └── Sagittidae
│ │ └── Phragmophora
│ │ └── Eukroniidae
│ ├── Cnidaria
│ │ ├── Hydrozoa
│ │ │ ├── Leptothecata
│ │ │ │ └── Campanulariidae
│ │ │ │ └── Obelia
│ │ │ ├── Siphonophorae
│ │ │ │ ├── Abylidae
│ │ │ │ │ ├── Abylopsis_tetragona_eudoxie
│ │ │ │ │ ├── Abylopsis_tetragona_gonophore
│ │ │ │ │ └── Abylopsis_tetragona_nectophore
│ │ │ │ ├── Diphydae
│ │ │ │ │ ├── Diphydae_eudoxie
│ │ │ │ │ ├── Diphydae_gobophore
│ │ │ │ │ ├── Diphydae_nectophore
│ │ │ │ │ ├── Diphyidae_eudoxie
│ │ │ │ │ ├── Diphyidae_gonophore
│ │ │ │ │ └── Diphyidae_nectophore
│ │ │ │ └── Physonectae
│ │ │ │ └── Physonectae_nectophore
│ │ │ └── Trachymedusae
│ │ │ └── Rhopalonematidae
│ │ │ └── Aglaura
│ │ └── Scyphozoa
│ │ ├── Scyphozoa_ephyra
│ │ └── Scyphozoa_medusa
│ ├── Ctenophora
│ └── Tunicata
│ ├── Appendicularia
│ │ ├── Appendicularia_tail
│ │ └── Copelata
│ │ ├── Fritillariidae
│ │ └── Oikopleuridae
│ └── Thaliacea
│ ├── Doliolida
│ ├── Pyrosomatida
│ │ └── Pyrosomatidae
│ └── Salpida
│ └── Salpidae
├── Plankton_small
│ ├── Chromista
│ │ ├── Bacillariophyceae
│ │ │ └── Coscinodiscales
│ │ │ └── Coscinodiscus
│ │ ├── Dinophyceae
│ │ │ ├── Gonyaulacales
│ │ │ │ └── Ceratium
│ │ │ └── Noctilucales
│ │ │ └── Noctiluca
│ │ └── Rhizaria
│ │ ├── Cercozoa
│ │ │ └── Thecofilosea
│ │ ├── Foraminifera
│ │ │ └── Nodosariata
│ │ └── Radiozoa
│ │ ├── Acantharia
│ │ └── Polycystina
│ └── Egg_Small_larva
│ ├── Egg
│ │ ├── Actinopterygii_egg
│ │ │ ├── Actinopterygii_egg_stage1
│ │ │ ├── Actinopterygii_egg_stage2
│ │ │ ├── Actinopterygii_egg_stage3
│ │ │ ├── Actinopterygii_egg_stage4
│ │ │ └── Actinopterygii_egg_stage5
│ │ ├── Egg_other
│ │ └── Mollusca_egg
│ └── Small_larva
│ ├── Bryozoa_Cyphonautes
│ ├── Crustacea_small_larva
│ │ ├── Cirripedia_cypris
│ │ ├── Cirripedia_nauplius
│ │ ├── Crustacea_metanauplius
│ │ └── Crustacea_nauplius
│ ├── Echinoidea_pluteus
│ └── Ophiuroidea_pluteus
└── alter
├── alter_other
│ ├── benthos
│ │ ├── benthos_other
│ │ └── seaweed_fragment
│ ├── terrestrial
│ │ ├── insecta
│ │ ├── microplastic
│ │ └── pollen
│ └── tripton_etc
│ ├── bad_focus
│ │ ├── Copepoda_bad_focus
│ │ └── bad_focus_other
│ └── tripton
└── artefact
├── bad_threshold
│ ├── multiple
│ │ ├── Copepoda_multiple
│ │ └── multiple_other
│ ├── part
│ │ ├── Actinopterygii_scale
│ │ ├── Copepoda_part
│ │ └── part_other
│ └── shadow
├── bubble
└── thin_artefact
├── fiber
└── scratchPlanktonic organisms are available in the form of vignettes. It is therefore only possible to classify individuals on the basis of morphological criteria.
The first level of classification in this guide corresponds more or less to level 1 or 2 of this classification. The second level of classification corresponds mainly to level 3 of the tree presented above. The third level corresponds to the most detailed classification.